La Estructura de Gobierno determina el alcance de autoridad, responsabilidad y tipo de decisiones que tiene cada organismo o puesto en la Universidad del Valle de Atemajac (UNIVA).

Está conformada de la siguiente manera:

I. Asamblea General de Asociados del Instituto
Superior Autónomo de Occidente, A.C. (I.S.A.O., A.C.)
II. Rector.
III. Consejo Universitario
IV. Consejo de Directores
V. Equipo de Rectoría
VI. Consejo Académico
VII. Consejos de Facultad
VIII. Consejos de Departamento